Stowarzyszenie to jest sekretnym odłamem organizacji Order of Light, który reprezentuje świątynie Shaolin. Mnisi należący do tej organizacji to najlepsi wojownicy we Wszechświecie. Założył go Wielki Kung Lao, który został zabity przez Gora w turnieju Mortal Kombat 500 lat wcześniej. Po przegranej Shang Tsunga z Liu Kangiem, Shao Kahn wysłał armię Tarkatan do Earthrealm w celu zniczenia Świątyni Światła i zabicia wszystkich ich członków. Liu Kang wraz z Kung Lao postanowili odbudować Stowarzyszenie Białego Lotosu po wydarzeniach z Mortal Kombat II, podczas gdy Shao Kahn zaatakował Earthrealm. Obecny status Stowarzyszenia Białego Lotosu nie jest znany.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Nieznany
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Dobra
CELE: Ochrona Ziemi
CZŁONKOWIE: Kung Lao, Liu Kang, Kai, Bo' Rai Cho
SPRZYMIERZEŃCY: Raiden
WROGOWIE: Shang Tsung, Shao Kahn, Quan Chi, Shinnok, Goro
Jest to sekretny klan założony przez mnichów, w którym szkolą oni młodych wojowników do turnieju Mortal Kombat. Klan ten znajduje się w świątyni Shaolin, w prowincji Honan w Chinach.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Nieznany
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Dobra
CELE: Szkolenie wojowników do turnieju Mortal Kombat, Ochrona Ziemi
CZŁONKOWIE: Liu Kang, Kung Lao, Siang
SPRZYMIERZEŃCY: Raiden
WROGOWIE: Shang Tsung, Shao Kahn, Quan Chi, Shinnok, Goro
W północno-wschodniej części Chin istniał tajemny klan zrzeszający złodziei i morderców zwany Lin Kuei, który działał na zlecenie; wystarczyło zapłacić odpowiednią stawkę. Wojownicy należący do tego klanu byli ludźmi posiadającymi niezwykłe umiejętności. Mali chłopcy byli porywani za młodu i wychowywani z dala od zwykłego świata, nikt nie wiedział o ich istnieniu, poza klanem. Nabrane przez nich umiejętności były przekazywane z pokolenia na pokolenie i udoskonalane wraz z czasem.
Członkowie klanu posiadali niezwykłe moce. Sub-Zero potrafił kontrolować siłę Kori, która wpływała na oddziaływania pomiędzy wodą, a lodem. Dzięki temu Sub-Zero potrafił zamrażać otoczenie wystrzeliwując kule lodu. Smoke także posiadał nadzwyczajne siły. Potrafił przeobrazić się w smugę dymu, która przydała mu się podczas wielu misji.
Po wydarzeniach z MK: Deadly Alliance, Sub-Zero walczył z Sektorem o status lidera Lin Kuei. Sub zwyciężył i został Wielkim Mistrzem owego klanu. Obiecał Raidenowi, że zreformuje Lin Kuei na stronę dobra i będzie pomagał mu w ochronie Earthrealm i przeniósł swój klan na Arktykę.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Obecnie: Dobra; Pierwotnie: Neutralny
CELE: Obecnie: Ochrona Ziemi; Pierwotnie: Zyski
CZŁONKOWIE: Obecni: Sub-Zero; Byli: Noob Saibot, Cyrax, Sektor, Smoke, Frost; Nieznany Status: Shujinko
SPRZYMIERZEŃCY: Raiden, Sareena, Kenshi
WROGOWIE: Obecni: Sektor, Tekunin, Tengu; Byli: Sub-Zero, Shirai Ryu
Założona przez Sonyę Blade oraz Jaxa powstała po inwazji Shao Kahna na Earthrealm. Dzięki techologii, OIA zdolna była opracować efektywne portale, które pomagały przemieszczać się między wymiarami. Celem agencji było odszukanie i zniszczenie pomyłkowo powstałych portali aby uniemożliwić przedostanie się na Ziemię.
Podczas wydarzeń z MK: Deadly Alliance, Red Dragon uważał OIA za zagrożenie i wysłał Hsu Hao w celu umieszczenia bomby w bazie sił specjalnych. Wybuch spowodował zachwianie równowagi pomiędzy portalami, a Cyrax utknął w Outworld. Później dzięki Nitarze powrócił na Ziemię.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Nieznany
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Dobra
CELE: Odszukanie pomyłkowo stworzonych portali
CZŁONKOWIE: Sonya Blade, Jax, Cyrax, Kenshi
OuterWorld Investigation Agency (OIA) była zależna od:
Oddział składający się z najlepszych anty-terrorystów w kraju. Ludzie z tego oddziału rozbili organizację przestępczą Black Dragon. Sonya Balde wraz z Jaxem przewodzili w owej firmie i było dla nich ogromnym wyzwaniem zwalczyć grupę przestępczą z powodu jej przebiegłego lidera Kano.
Po nieudanej inwazji na Earthrealm przez Skao Kahna w czasie Mortal Kombat 3, Sonya i Jax dostali pozwolenie od OIA na przeszukanie Earthrealm w celu zlokalizowania portali.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Dobra
CELE: Walka z przestępczością, Ochrona Ziemi
CZŁONKOWIE: Obecni: Sonya Blade, Jax, Cyrax, Kenshi; Byli: Hsu Hao
Shirai Ryu był klanem ninja założonym w Japonii przez byłego członka Lin Kuei o imieniu Takeda. Zaczął on uczyć swoich nowych członków sekretów, które posiadł w Lin Kuei, dzięki czemu w późniejszym czasie oba klany stały się największymi wrogami. Wojownicy Shirai Ryu nosili żółte barwy w celu wykpienia stylu, który panował we wrogim klanie.
Przed wydarzeniami z Mortal Kombat I, wielki mistrz Lin Kuei został poproszony przez Quan Chiego o znalezienie sekretnej mapy, która znajdowała się w świątyni Shaolin. Wielki mistrz wybrał swojego najlepszego ucznia,którym był Sub-Zero i wysłał go na misję. Quan Chi także zapytał członków Shirai Ryu o zdobycie mapy, w przypadku gdyby Sub-Zero zawiódł.
Sub-Zero podczas misji natknął się na Hanzo Hasashi członka Shirai Ryu i wdał się w walkę w której Sub zwyciężył. Gdy powrócił z misji, za wykonanie zadanie kazał Quan Chiemu wybić wszystkich z klanu Shirai Ryu wraz z jego rodzinami. Hanzo Hasashi odrodził się ponownie w Netherrealm jako Scorpion i dążył do zabicia Sub-Zero z myślą, że to on zabił jego rodzinę.
MIEJSCE: Etherrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Neutralna
CELE: Pojmanie Sub-Zero
CZŁONKOWIE: Obecni: Scorpion; Byli: Takeda
WROGOWIE: Sub-Zero
"Podziemna" organizacja znana ze swoich różnorakich przekrętów i postępowania w bardzo nieuczciwy sposób. Ogólnie rzecz ujmując, jest to mafia, jednak nie ma na to dowodów, i organizacja ta sprawnie funkcjonuje. Jak każda mafia, tak i ta jest "organizacją" rodzinną. Założył ją Bannak, który był jej przewodniczącym, razem z synem Kebralem i córką Jolą.
Prowadzona jest aktualnie przez Kano. Grupa Special Forces prowadzona przez Sonyę Blade została stworzona, aby pomóc rządowi w przerwaniu działaniu Black Dragon. Podczas pierwszego turnieju Mortal Kombat, Kano miał na zadanie zwabić Sonię, aby ta wraz z swoją drużyną zbliżyła się do świątyni Shang Tsunga. Gdy Shang został pokonany wraz z Sonią oraz Kano udał się do Outworld i uwięził ich aby zwabić do siebie grupę ziemskich wojowników. Jax udał się na pomoc Sonyi oraz Kano, lecz Kano uciekł i uznał, że to Shao Kahn uratował jego życie i stał się generałem armii Shao Kahna.
Większość uznała Kano za zmarłego i klan Black Dragon zaczął się rozpadać. Wielu członków zniknęło, zostało zamordowanych lub aresztowanych. W MK: Deadly Alliance Mavado, lider Red Dragon dowiedział się o Kano i udało mu się schwytać go. Następnie udał się z pojmanym Kano na swoje wzgórza, gdzie mieścił się klan Red Dragon i zaczął eksperymentować w zamiarze stworzenia ludzko-smoczej hybrydy.
Wraz z radą Havika, Kabal zrozumiał, że może przejąć kontrolę nad Black Dragon i starać się o jego odbudowę. Wcześniej Kabal był już członkiem owego klanu lecz postanowił opuścić go, podczas gdy został prawie zabity przez Shao Kahna w czasie Mortal Kombat 3. Powrócił i zaczął rekrutować nowych członków. Znalazł młodych wojowników takich jak Kira czy Kobra i wraz z nimi odbudował upadłą potęgę.
MIEJSCE: Earthrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Zła
CELE: Obecnie: Anarchia; Pierwotnie: Zyski
CZŁONKOWIE: Obecni: Kabal, Kira, Kobra, Kano, Jarek; Byli: Tasia, Tremor, No Face
SPRZYMIERZEŃCY: Havik
WROGOWIE: Red Dragon, Special Forces
Organizacja przestępcza istniejąca od wielu wieków w sekrecie. Członkowie tacy jak Mavado (który później został liderem) są wysoko wyszkolonymi i zdyscyplinowanymi członkami. W ostatnim czasie jednak, zachłanni jego członkowie wyjawili sekrety Red Dragon i postanowili założyć swoją własną grupę, którą nazwali Black Dragon. Od tego czasu członkowie Red Dragon ścigają na śmierć wszystkich zdrajców.
Podczas Mortak Kombat: Armageddon zostało powiedziane, że Daegon był nową zdobyczą Red Dragon. Caro, czerwony smok, który miał na zadanie czuwać nad hybrydą Daegona, pomyłkowo zbudził go i ten wydostał się o wiele za wcześnie. Daegon od razu wstąpił do organizacji Red Dragon i starał się uniemożliwić Tavenowi zniszczenie Blaze'a. Od tego czasu klan ten, starał się stworzyć ludzko-smoczą hybrydę.
MIEJSCE: Earthrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Zła
CELE: Dominacja nad światem, śmierć Tavena, Wyniszczenie Black Dragon
CZŁONKOWIE: Daegon. Mavado, Hsu Hao
SPRZYMIERZEŃCY: Shinnok, Deadly Alliance
WROGOWIE: Taven, Black Dragon, Special Forces
Klan ten pochodzi z najciemniejszych zakątków rzeczywistości, z regionu nazywanego Nether Realms. Zreformował go Shinnok po tym jak otrzymał kontrolę nad Netherrealm od Lucifera. W pomocy Shinnokowi, Quan Chi został liderem grupy. Shinnok posiadał swoich własnych protektorów, zwiadowców oraz zamachowców.
Po nieudanej próbie inwazji Edenii przez Shinnoka w Mortal Kombat 4 klan ten zaczął się rozpadać. Członkowie, którzy byli wysoko postawieni tacy jak Reiko czy Noob Saibot, zaczęli iść na własną rękę. W czasie MK: Deadly Alliance i Deception Noob Saibot zaczął dzięki kontroli Quan Chiego przygotowywać swoją własną armię. Sareena i Ashrah opuściły w tym czasie Bratherhood of Shadow. W MK: Armageddon Sareena miała powrócić do pierwotnego klanu, a Noob Saibot chciał poprowadzić armię do pałacu Lin Kuei w celu obalenia Sub-Zero.
MIEJSCE: Netherrealm
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Zła
CELE: Ciągła pomoc Shinnokowi
CZŁONKOWIE: Obecni: Quan Chi, Noob Saibot, Jataaka, Kia; Byli: Ashrah, Reiko, Sareena
SPRZYMIERZEŃCY: Shinnok, Tanya
WROGOWIE: Ashrah, Sareena
Był to swojego rodzaju pakt założony pomiędzy Quan Chim i Shang Tsungiem, który stworzony został w czasie Mortal Kombat: Deadly Allaince. Deadly Alliance było tymczasowym sprzymierzeniem pomiędzy dwoma silnymi czarnoksiężnikami, Shagn Tsungiem doradcą Shao Kahna oraz byłbym sprzymierzeńcem upadłego Shinnoka Quan Chim. Ich zamiarem było przejęciem władzy nad armią Dragon Kinga i wysłaniu jej do Earthrealm.
Raiden chciał zniszczyć narastające niebezpieczeństwo ze strony Deadly Alliance ale jego atak z wojownikami nie powiodły się. Jax, Johnny Cage, Kung Lao, Sonya oraz księżniczka Kitana zostali zabici, Kenshi poważnie ranny, a Sub-Zero zdradzony przez swojego ucznia Frost. Raiden licząc tylko na siebie postanowił zaprzestać działaniom Deadly Alliance.
Zwycięstwo Deadly Alliance nie było długie ponieważ Quan Chi postanowił odwrócić się od Shang Tsunga i sam cieszyć się ze zwycięstwa. Onaga, główny przywódca swojej armii nazwanej Deadly Alliance powstał ze zmarłych i postanowił zniszczyć przymierze. Raiden, obawiając się zwycięstwa Onagi, postanowił dołączyć do walki wraz z Quian Chim i Shang Tsungiem i razem z nimi pokonać Dragon Kinga (Onaga). Nie udało im się pokonać Onagi, a ten pozyskał kontrolę nad amuletem Shinnoka co spowodowało koniec przymierza.
MIEJSCE: Outworld
SBECNY STATUS: Aktywny
PRZYCHYLNOŚĆ STRONY: Zła
CELE: Totalna dominacja
CZŁONKOWIE: Quan Chi, Shang Tsung
SPRZYMIERZEŃCY: Mavado, Hsu Hao, Kano, Moloch, Drahmin, Baraka, Tanya
WROGOWIE: Raiden, Onaga
Sekta nekromatów, która posługując się nekromacją posiadała zdolności ożywiania zmarłych. Raiden znisczył sektę wieki temu i później wykorzystał ich czarną magię aby reanimować zmarłego Liu Kanga
Po nieudanym przejęciu Lin Kuei i przegranej z Sub-Zero Sektor uciekł i stworzył swój własny klan. Jego członkami są cyborgi takie jak Sektor, a ich misją jest podbijanie Japonii. W MK: Armageddon Tekunin jest atakowany przez siły Special Forces dowodzące przez Sonyę Blade, która wierzy, że właśnie oni porwali Jaxa.
O klanie nie wiadomo praktycznie nic. Jego liderem jest Wu Lae i zamieszkają oni tereny Arktyki, gdzie Sub-Zero przeniósł Lin Kuei.
Jest klanem utrzymującym porządek i broniącym prawo w Outworld. Jego członkiem jest Hotaru, a zadaniem jest karaniu tych, którzy naginają istniejące prawo.
Shokan jest rasą której przedstawiciele są pół-ludźmi i pół-smokami. Żyją w realiach Outworldu (Świata Zewnętrznego). Wojownicy Shokan, mają cztery ręce, śa niezwykle silni, a ich "pracodawcą" jest Imperator.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Goro, Kintaro, Sheeva
Centaury to cztero-nożni i niezwykle silni wojownicy. Żyją w realiach Outworldu. Są trzonem armii Shao Kahna prowadzącego najazd na Ziemię.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Motaro
Edenia, podobnie jak Ziemia, była normalnie zamieszkałą krainą, która później musiała się bronić przed Imperatorem w turnieju Mortal Kombat. Dziesięć razy z rzędu przegrała, i stała się częścią królestwa Shao Kahna. Martwa kraina nazwana została Outworldem. Jednakże znalazło się kilka osób które przetrwały najazd Imperatora, i które nie miały zamiaru walczyć po jego stronie. Po pokonaniu Shang Tsunga, Edenia powróciła do swego normalnego wyglądu.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Kitana, Jade, Sindel, Rain, Tanya
Jest to inteligentna, jaszczuropodobna rasa, która pojawiła się na Ziemi miliony lat temu. Została wybita w walkach Starszych Bogów, później znów pojawiła się w krainie, którą nazwaną Zattera.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Khameleon, Reptile, Kiri
Bogowie czterech żywiołów, którzy bronią magicznego amuletu. Teraz stoją na straży Ziemi razem ze śmiertelnikami.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Raiden, Fujin
Rasa mutantów żyjących na obrzeżach Outworld. Jej członkowie byli zawsze wierni Shao Kahnowi, walczyli dla niego, i prowadzili ofensywę Outworldu na królestwo Ziemi.
CZŁONKOWIE I BYLI CZŁONKOWIE: Baraka